Sekretariat mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Dinas Kesehatan.

Sekretariat menyelenggarakan fungsi:

1. penyelenggaraan koordinasi kegiatan unit kerja di lingkungan Dinas Kesehatan;
2. penyelenggaraan koordinasi penyusunan, penyerasian dan pengintegrasian perencanaan, program, kegiatan dan anggaran Dinas Kesehatan;
3. penyelenggaraan, pengoordinasian dan pengelolaan sistem dan laporan akuntabilitas kinerja dinas;
4. penyelenggaraan pemantauan dan evaluasi pelaksanaan program dinas;
5. penyelenggaraan pengelolaan data dan pengembangan teknologi informasi dan komunikasi terintegrasi;
6. penyelenggaraan pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kearsipan, kerja sama, hubungan masyarakat, pengelolaan komunikasi dan informasi pelayanan publik Dinas Kesehatan;
7. penyelenggaraan pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
8. penyelenggaraan koordinasi dan penyusunan produk hukum Daerah;
9. penyelenggaraan pengelolaan barang milik Daerah;
10. penyelenggaraan kegiatan pengadaan perlengkapan, inventaris dan kerumahtanggaan;
11. pengoordinasian pengelolaan data dan informasi bidang kesehatan;
12. penyelenggaraan fasilitasi pelaksanaan reformasi birokrasi;
13. penyelenggaraan pemantauan evaluasi dan penyusunan laporan program sekretariat;
14. rekomendasi saran dan pertimbangan kepada atasan tentang langkah dan tindakan yang perlu diambil; dan
15. pelaksanaan fungsi kedinasan lain yang diberikan oleh atasan terkait dengan bidang tugasnya.